シイラアップデートすると、

アップデートがリリースされているって表示されるので、
アップデートしてみると、ウィンドウが表示されなくなっちゃった。
うーむ。がんばって欲しいところだ。
[追記] こちらによると、~/Library/Preferences/jp.hmdt.shiira.plistを削除すると直るとのこと。
実際に消してみると使えるようになった。